Durante el juicio, la Fiscalía sostuvo que la familia articuló durante décadas una estructura destinada a ocultar capitales en el extranjero y aprovechar su posición política e institucional para obtener beneficios económicos. Las acusaciones apuntaron especialmente a la existencia de presuntas comisiones ilegales y movimientos de dinero a través de sociedades opacas y cuentas en paraísos fiscales.
Por su parte, las defensas negaron la existencia de una organización criminal y defendieron que el patrimonio familiar procedía de una herencia familiar mantenida históricamente fuera de España. Algunos de los acusados insistieron en que no existió trato de favor político ni adjudicaciones amañadas vinculadas al entorno de Convergència.
Sin embargo, pese al extenso proceso judicial, el juicio deja todavía importantes incógnitas abiertas. Entre ellas, sigue sin esclarecerse completamente el origen inicial del dinero oculto en Andorra ni el alcance real de las relaciones entre determinados empresarios y miembros de la familia Pujol. Tampoco ha quedado plenamente acreditado qué papel desempeñaron todos los hijos del expresidente en la gestión de las sociedades investigadas ni hasta qué punto existió una coordinación organizada para mover fondos fuera del control fiscal.
Otra de las cuestiones que continúa generando dudas es si parte de las operaciones económicas investigadas respondían a prácticas sistémicas de financiación irregular vinculadas al poder político de la época o si se trataba únicamente de actuaciones individuales de algunos miembros de la familia.
Con el caso ya visto para sentencia, la resolución de la Audiencia Nacional no solo determinará las posibles responsabilidades penales de los acusados, sino que también marcará un capítulo decisivo en la historia política reciente de Cataluña.